工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團伙時不幸被團伙成員發現，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團伙對他進行報復，新一決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。一日，新一 的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，隨后柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父...

工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團伙時不幸被團伙成員發現，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團伙對他進行報復，新一決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。一日，新一 的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，隨后柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父...

日本著名造船公司八代商船設計制造了旗下第一艘豪華郵輪愛芙羅黛諦號，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請各界名流參加，上到首相下到富豪悉數前來。鈴木園子的父母也接到邀請，因行程安排鈴木夫婦無法出席，園子于是邀請、毛利小五郎、小蘭、柯南等一眾好友同行。藍天白云，美酒佳肴，眾人無不陶醉于這美好的假期之中。               ...

晴朗時節，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛隊的宙斯盾戰艦，體驗一把出海作戰的感覺，期間還結識了美麗又有著幾分神秘的女自衛隊員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰艦上突然發現一條斷掉的手臂，消失的自衛隊員又引起軍方的恐慌與猜測。原來某國神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機盜取戰艦...

君主制國家威斯帕尼亞王國因發現奇妙的礦石而引起世界關注，然而此時卻發生悲慘事件，該國女王薩克拉?阿爾蒂亞和王子吉爾?加烏爾突發意外身亡。公主米拉?朱麗葉拒絕繼承王位，與此同時國內也掀起反對米拉合要求取消君主制的狂潮。在這種紛亂的情況下，米拉和奇斯伯爵出訪日本。在公主的歡迎宴會上，米蘭險遭暗算，無法忍受這一切的她偷偷逃了出去，卻在日本街頭遭遇與自己長相一樣的小蘭，渴望正常人生活的米拉于是和小蘭互換了...

柯南等人受邀前往大阪參與電影《大怪獸哥美拉VS假面超人》的揭幕式，但制片人米倉卻在庫房離奇死于巨大怪獸道具的身下。眾人用來系住怪獸的繩子被鋒利物體劃斷，大阪警署認為這絕不僅是一場簡單的事故.........

知名舞臺劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預告信：在26個字母的盤旋飛舞中，他來拜領無價的“命運的寶石”。毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認為基德將在演出最后一晚前來盜取寶石，當晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那里早有諸多警察守候。                        ...

東京、大阪、京都相繼發生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調查，發現死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，以義經的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經記》，被害5人手中的《義經記》均被拿走。　　這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，說若能解開信中所附的畫謎，便能找到8年前被竊的如來佛像。柯南、小蘭隨毛利小五郎來到該...

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小蘭的朋友原子家鈴木財團準備展出他們家珍藏的沙皇尼古拉二世家的寶物——回憶之卵，回憶之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍貴照片，由此特別珍貴。豈料在展出之前，卻收到了怪盜基德的通知函，上面用迷語的方式列明他盜寶的時間。原子找到小蘭的爸爸名偵探毛利小五郎幫忙，當然，真正的幕后高手柯南也會和小蘭一起前來。柯南遇到了同為偵探的服部平次，兩人決定一起聯手解開怪盜基德之謎！ ...